通用功能

1. 注册和登录

首次使用Hermite®平台时，您需要注册账号。在浏览器地址栏中输入https://hermite.dp.tech，打开Hermite登录页面：

点击“Create New Accout”创建新帐号。输入注册Email地址后，点击“Get Verification Code”按钮获取注册验证码。此时系统会自动发送验证码到您的注册邮箱。

注：如果您在5分钟内仍未收到验证码邮件，请先检查邮件是否被您的邮件系统识别为垃圾邮件。若确定未收到验证码邮件，可联系Hermite官方运营人员帮忙处理。

输入注册的手机号后，点击“Get Verification Code”按钮获取注册验证码，系统会自动发送验证码到您的手机短信中。

注：如果您在5分钟内仍未收到短信验证码，可联系Hermite官方运营人员帮忙处理。

输入验证码和新的账户密码后，点击Register按钮完成新用户的注册。

2. 通用菜单栏

首次进入Herimite®平台，您会自动进入主界面，同时，Hermite®平台采用Project方式管理您的研究工作和计算任务。主界面包含Hermite®平台4大图形化窗口以及左侧通用菜单栏。左侧菜单栏的功能包括：

2.1 File

Import Structure

详见《图形化功能》部分。

Get PDB

详见《图形化功能》部分。

2.2 Function

Structure Modeling	Protein Folding	基于Uni-Fold从蛋白质序列出发，预测蛋白质结构
	EM Structure Fitting	基于cryo-EM密度图的全原子结构模型柔性搭建工具
	Loop Optimization	蛋白柔性loop结构的构象优化
Virtual Screening	Docking	基于GPU加速、Uni-Mol优化结合pose的分子对接程序
	Induced Fit Docking	基于诱导契合理论的蛋白和配体的柔性对接
	Virtual Screening Workflow	整合Protein Preparation、Ligand Preparation、Docking和MM PB/GBSA，一站式完成超高通量虚筛
	Binding Stability	对蛋白-小分子复合物进行100 ns的全原子模拟以评估结合稳定性
	Pharmacophore Generation & Screening	基于药效团的虚拟筛选工具
Binding Affinity Evaluation	MM PB/GBSA Structure	衡量配体和靶点的结合亲和力
	FEP Calculation	基于自由能微扰理论、分子动力学模拟和高性能计算，评估一系列结构相近的候选药物分子（Ligands）与靶蛋白（Protein）的亲和力（Affinity）差异的工具
	FEP Analysis	FEP Calculation 或 FEP Recalculation的结果分析工具
	FEP Protein Mutation	在FEP计算过程中，支持蛋白中的氨基酸发生Alchemical Transform变化，精确计算点突变对蛋白质性质的影响（目前仅开放了预测突变前后蛋白热稳定性差异的功能）
	Aquasite	计算分析靶点口袋处水分子分布与稳定性
Biomacromolecule	Antibody Folding	根据轻链和重链的序列进行抗体结构预测
	Sequence Alignment	基于多序列比对算法（MSA）的蛋白质序列比对工具
	Antibody Numbering	基于抗体编号系统（支持：IMGT、Kabat、Chothia），对抗体序列的CDR区域进行标注的工具
	Antibody Humanization	基于数据库和统计模型，对抗体进行人源化改造的工具。支持CDR区标记和移植，人源抗体，并提供图形化功能进行抗体人源化改造
	Antibody Properties	基于数据库和统计模型，对抗体的可开发性（包括：粘度、聚集性、清除率、等电点、消光系数等）进行评估的工具，同时支持对抗体可变区（Fv）进行结构建模
	Nanobody Properties	基于数据库和统计模型，对纳米抗体的可开发性（包括：聚集性、清除率、等电点等）进行评估的工具
	PTM Prediction	基于人工智能算法，对蛋白质翻译后修饰（PTM）位点（例如：磷酸化、糖基化、泛素化、亚硝基化、甲基化、乙酰化等）进行预测的工具
	Protein-Protein Docking	基于快速傅里叶变换（FFT）算法的蛋白-蛋白刚性对接工具
	Protein-Protein Interaction	蛋白质与蛋白质之间的相互作用
	AI Protein Mutation	基于人工智能算法，融合蛋白质结构和动力学信息等多模态特征，快速预测蛋白质突变前后热稳定性差异的工具
Molecule Recommendation	VD-Gen	基于虚拟动力学(Virtual Dynamics)人工智能算法，依赖蛋白口袋的分子从头设计功能
	Similar Molecules Search	基于多种手段生成查询分子的分子指纹，匹配其和目标分子间的相似性
	Substructure Search	基于子结构的SMARTS匹配目标分子相同的部分
	Maximum Common Substrucrture	寻找一批分子中的最大公共子结构
	Compound Clustering	根据分子指纹将性质相似的分子聚集到一类中
	Uni-QSAR	基于人工智能（深度学习，机器学习）多种模型联合的定量构效关系（QSAR）建模和预测工具，并在分子1D和2D描述符的基础上，加入了基于分子3D结构预训练模型（Uni-Mol）的全新3D分子描述符，大大提高了QSAR模型的准确性
	Uni-QSAR Analysis	Uni-QSAR模型性能比较与分析工具
General	Protein Preparation	对蛋白进行处理以用于后续任务
	Ligand Preparation	对配体进行处理以用于后续任务
	Protein Alignment	对蛋白质结构进行3D叠合（根据：backbone，Ca，sidechain）的工具，并支持多个蛋白结构的叠合操作

2.3 Windows

唤起Hermite平台常驻的窗口（任一图形化四组件）。

唤起您已经激活的功能（即，您使用过程中最小化的功能从这里再次进行）。

还原页面默认布局。

2.4 Job List

2.4.1 入口

当您当前不在某个Project中时，点击左侧通用菜单栏“Job”，展开“Job List”界面，可以查看历史全部的Job；

当您当前在某个Project中时，点击左侧通用菜单栏“Job”，展开“Job List”界面，可以查看该Project下的全部Job。

2.4.2 操作

默认界面支持按照Project Name、Project ID以及Name/ID条件搜索；

点击“Advanced Search”，展开高级搜索，支持按照Job Name、Job ID、Job Status、Operator、Project Name、Project ID、Start Time和End Time搜索，点击“Search”即可进行搜索，点击“Reset”重置搜索项。

支持按照Job Name、Job Status、Start Time和End Time进行排序。

Operation下的操作：

Show：展示该Job的结果；

Log & Paramas：日志和参数，在您任务计算失败，需要寻求Hermite官方运营人员帮助时，一并提供的信息，便于我们快速帮您定位问题；

Download：下载该Job的相关文件；

Cancel：取消该任务，取消任务并非暂停，一旦取消该任务后，如果需要再次运行，需要去Functions中重新计算；

Delete：删除该任务。

• 管理员与成员在Job List上支持的操作有差异，具体如下：

  • 管理员与成员均可对自己的项目进行“Cancel”和“Delete”的操作；

  • 管理员可对成员的项目进行“Cancel”和“Delete”的操作；

  • 成员不可以对管理员的项目进行“Cancel”和“Delete”的操作。

2.5 Project

2.5.1 New Project

为新的研究计算体系创建独立的Project，具体步骤：通用工具栏Menu → Project → New Project → 命名新Project → 点击Apply → 自动跳转新页面（默认打开4大图形化窗口）。

当成员在受邀组织内时，新建项目自动与管理员同步。

2.5.2 Save Project

手动保存当前Project下图形化界面的展示状态和各种激活功能的参数，具体步骤：通用工具栏Menu → Project → Save Project；或者快捷键方式：Ctrl+S（Win系统）/ Command+S（OSX系统）。

注：您进行重要操作后，希望您进行数据保存；同时，为了最大程度便捷您的工作，Hermite作为SaaS云平台，会定期自动保存您在本地浏览器的项目数据至您的云端账号。

2.5.3 Project List

Project List 提供了您在Hermite平台的历史项目的全方位管理，支持通过点击Project Name列下的项目名进入该Project。

支持按Project Name、Last Modified Time、Create Time进行搜索和排序。

Operation下的操作：

Add to Favorite：收藏该项目，收藏的项目可在Favorite分类中查看；

Delete：删除该项目，删除的项目可在Recycle分类中查看；

Rename：对该项目重命名；

Member：添加组织成员。

Project添加成员

当项目需要多人参与时，可通过如下方式实现项目在多人间的共享，具体操作如下：

管理员分享项目

在展开的项目列表中找到需要分享的项目，点击右侧Operation下的“...”，展开的选项中点击“Member”。

弹出“Members”界面，添加成员后，成员邮箱展示于Member List下，点击“Confirm”确认添加；

可通过两种方式添加成员：

Search Members：通过搜索用户名称/ID/电子邮箱邀请用户进入当前项目中；

Duplicate from Project：根据用户的项目名称/ID邀请用户进入当前项目中。

注：只能添加已在组织内的成员，组织内添加成员详见 2.8.3 User Center。

成员同步项目

成员账号中同步出现该项目

2.6 Help Center

帮助文档，包含首页、动态与公告、软件案例、操作手册、获取更多帮助。

2.7 Saving to the Cloud

将当前任务保存至云空间。

2.8 账号中心

2.8.1 组织

当您未加入任何组织时，默认以您为管理员有一个独立的组织；当您加入组织后，可通过如下方式切换组织。

2.8.2 My Balance

上方红框处，Blance处所示为余额，Uni-FEP Pair处所示为剩余FEP Pair数目，点击“Top-up”可进行¥5000以内的小额充值。

下方红框处：

Usage Records：记录了资源包使用情况；

Orders：记录了资源包使用金额；

Top-up Records：充值记录。

2.8.3 User Center

用户中心界面中，上方为个人信息，下方User List记录着其他成员的信息

2.8.3.1 个人信息栏操作

编辑个人/组织信息

在个人信息栏，点击右侧“Edit Information”，展开“Edit Personal Information”窗口。在下方填入用户名称、手机号、验证码及组织名称等信息，点击“Submit”。

修改密码

在个人信息栏，点击右侧“Change Password”，弹出“Change Password”窗口，填入原始密码和修改后的密码，点击“Submit”。

2.8.3.2 User List处操作

基本操作介绍

红框：

Display Disable：按钮可调整被禁止用户的显隐；

+New User：在当前组织内添加成员；

蓝框：根据Email、Name、Phone等信息，点击“Search”搜索所需用户，点击“Reset”可重置；

黄框：

Edit：调整该成员参与的Project；

Disable User：将成员从组织中删除；

Job Record：查看成员的任务记录。

组织管理

1）管理员邀请进入组织

点击账号，在展开的列表中选择“User Center”，进入用户中心

点击Edit Information，在弹出的窗口中，Organization Name处对该组织进行命名，点击“Submit”。

管理员通过“+ New User”邀请别人进入组织。点击“+ New User”，弹出“Edit User”窗口，在“*Email”处填写受邀人的邮箱，“Project”下选择可共享的项目，选择的项目会列于“Project List”下，点击“Submit”提交处理。

项目搜索与处理：

1）Search Projects：根据Project Name/ID搜索项目，下拉界面中出现符合条件的项目，点击即可使之载入Project List下；

2）Duplicate from Member：根据User Name/ID/Email搜索出某人员，下拉界面点击该人员即可在Project List列表中展现该人员的所有项目。

3）点击Project List右侧“All”，可使所有项目载入Project List下；

4）点击Project List右侧“Clear”，清除Project List下的所有项目。

2）成员受邀加入组织

当管理员经过相关操作后，成员邮箱内会收到一封确认邮件，按照邮件提示进行操作；

登陆Hermite，点击账号，在展开的列表中邮箱号下面切换组织。

2.8.4 Setting

Setting：支持设置3D Workspace内的标签的颜色、尺寸、字体类型，以及3D Workspace界面的背景颜色。点击Apply即可更改设置。

2.8.5 Upload Log

上传日志。

2.8.6 Download Log

下载日志。

2.8.7 Export .Stl

导出为 .stl格式文件。

2.8.8 Sign Out

退出登录。